つい最近まで知らなかったんですが、Windows2000にはmsconfig無いようです。
不要なスタートアップを削除したいという要件だったので直接レジストリから消すことにしました。
大抵、下記のレジストリの場所にスタートアップが登録されています。
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKCU\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
参考情報を見ると、別途msconfigを入れることも可能なようです。
参考：
