デーモンプログラムをパッケージではなくソースからインストールすると、ini.d配下にある起動スクリプトはできませんし、 chkconfig のリストにでてきません。
起動スクリプトはソフトによって異なるのでネットで情報得て作成するとして、マシンの電源投入時にデーモンを実行するには、/etc/rc.d/rc.local ファイルの末尾行に実行ファイルのパスを設定すればいいようです。
# vi /etc/rc.d/rc.local
/usr/local/apache/bin/apachectl start ←追記
/etc/init.d/smokeping start ←追記
参考：
