今さらであれですが、以前にIE7で初回起動時に設定画面が表示され、設定するのに毎回設定画面が表示されてしまうという現象が発生してました。
で、結局＠南魚沼市 : Internet Explorer 7 の設定画面が毎回表示されてしまうを参考に、レジストリを修正することで設定画面の毎回表示現象を解決できました。
レジストリで下記のように RunOnceHasShown と RunOnceComplete を 1 にするといいようです。
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main]
"RunOnceHasShown"=dword:00000001
"RunOnceComplete"=dword:00000001
