要件

現状：　さくらのVPSでWEBサーバーと、メールサーバーを構築しサービス提供中。　さくらでドメイン取得し、さくらのDNSサーバーにてゾーン情報を管理。要件：　メールサーバーのみ、さくらのレンタルサーバー(メールボックスプラン)を契約しそちらで運用するようにしたい。

注意点 - 設定にゾーン削除が必要

ドメインが新規(ゾーン情報が未登録)であれば、レンタルサーバーのコントロールパネルからドメイン設定するだけでいいみたいなのですが、既にゾーン情報が登録されていると厄介です。
ゾーン情報が登録された状態で、レンタルサーバーのコントロールパネルからドメイン追加しようとすると、エラーになります。
サポートに問い合わせたところ、以下の回答でした。

該当ドメインは、すでにさくらのネームサーバ上にゾーンが生成されており、この状態のままメールボックスへとドメインを追加登録するとエラーとなる。
そのため、一旦現在設定されているレコード情報をすべてメモし、該当ドメインのゾーンを削除後、2時間ほど間隔をあけ、メールボックスへと追加が必要。
ゾーン削除後は、必ず2時間ほど間隔をあけることが必要。　※さくらのネームサーバ上のゾーン初期化に、２時間ほど要する場合があるため。

ゾーン情報を削除しないといけないというのは、罠でした。。。

既にゾーン情報がある場合、いったんゾーン情報を削除し、レンタルサーバーのコントロールパネルでドメイン設定　→　(2時間待ち)ゾーン情報を再設定　となるようです。
ゾーン情報を削除するので、2時間＋アルファのダウンタイムが発生するわけですね。
メールだけでなく該当ドメインを使ったサービスが2時間以上ダウンするということになります。

なお、追加するドメインがサブドメインであれば、ゾーン情報を削除せずとも、ドメインコントロールパネルからサブドメインのレコードだけ削除すれば登録できました。
''' 例： <ゾーン情報> エントリ名タイプデータ subdomain A xxx.xxx.xxx.xxx. MX subdomain.hogehoge.example 　上記 subdomain のレコードを削除。

さくらレンタルサーバーコントロールパネル→ドメイン/SSL → ドメイン新規追加 → hogehoge.example を選択し、[サブドメインを指定する]にチェックし、サブドメインを入力し、[追加]。 '''

手順

ドメインコントロールパネルにて、ゾーン情報をスクショなり、コピペなりで保存。
[ゾーン削除]でゾーン情報を削除。
2時間待つ。
レンタルサーバー側でドメイン追加。
4.の結果、以下ゾーン情報が自動で作成されるのでドメインコントロールパネルにて確認。

エントリ名 タイプ  データ
@          NS      ns1.dns.ne.jp.
           NS      ns2.dns.ne.jp.
           A       レンタルサーバのIP
           MX      10 @ -
           TXT     "v=spf1 a:xxxx.sakura.ne.jp mx ~all"
www        CNAME   @
mail       CNAME   @
ftp        CNAME   @

6.1.で保存したゾーン情報を設定。MXレコードは、初期ドメインの値にする。
　なお、MXレコードの値に"."を入れるのを忘れると、"レコードの参照先にAレコード以外が指定されています"　というエラーになります。
　複数レコードだと、どのレコードがおかしいのかわかりづらく、この辺はわかりやすいようにしてほしいですね。。

注意点 - メーラーの送受信メールサーバーで独自ドメインは利用できなくなる

もう1点、罠がありました。
ヘルプには、暗号化設定を利用しない場合、メーラーのメールサーバー設定値に独自ドメインが可能とあります。(メールソフトによっては警告が出るとの注釈有。)

しかし、独自ドメインをメーラーに設定すると、メールサーバーに接続できません。

サポートに問い合わせたところ、以下の回答でした。

現在、ウェブをVPSに、メールをさくらのメールボックスの初期ドメインに設定しているが、
MXレコードを初期ドメインで設定するとメールソフトの送信/受信サーバーも初期ドメインで設定する必要がある。
ウェブをメールと別のサーバでご利用いただく場合、MXレコードは初期ドメインで設定する必要があるので、独自ドメインで設定できない。
独自ドメインで設定できる可能性がある方法としては、さくらのレンタルサーバシリーズに乗り換えて、
Aレコードもレンタルサーバで利用するなら、MXレコードを独自ドメインで設定できる。

考えてみればまぁ当たり前でしたね。
MXレコードの値はあくまでメール配信時に使われるもので、メーラーに設定したドメイン名は、Aレコードで解決されます。
メールサーバーとWEBサーバーが同一IPなら、独自ドメインでもOKでしょうが、今回のように別IPになると、メールサーバー側のIPに紐づいたドメイン名にしないといけません。

ただ、ヘルプに書いてあったのでそのままうのみしちゃってたので、WEBとメールサーバーが違う場合は、初期ドメインになるなどの注記は欲しかったところです。